Generalmente las plantaciones de monocultivos logran que la producción de determinados cultivos sean más eficientes a gran escala. Sin embargo, pese a estas ventajas, una probable expansión indiscriminada de este método puede acarrear problemas como la pérdida de diversidad, deforestación y desposesión de agricultores y pueblos indígenas.
El problema de la pérdida de bosques por el desarrollo de estas actividades agrarias ha sido corroborado en una investigación del Ministerio del Ambiente (Minam), realizada en áreas no categorizadas, como bosques de producción permanente, comunidades nativas y áreas naturales protegidas el 2014. Allí se destaca que la expansión de cultivos agroindustriales de palma aceitera, cacao y café como una de las principales causas de la deforestación de los bosques amazónicos.
Además, el mismo Minam destaca que la deforestación por monocultivos como la palma aceitera ha aumentado exponencialmente en Loreto desde el 2006, pasando de 1250 a 8343 hectáreas en solo 6 años.